民國34年，台灣光復後，中央政府鑒於當時台灣環境與政經情況，遂設立「臺灣省行政長官公署」以接收台灣總督府之相關業務，特於所屬「工礦處」下設「公共工程局」，負責原「總督府土木課」之業務；36年5月改制為「建設廳公共工務局」；38年10月，併入建設廳成立土木科，辦理都市計畫及行政業務。42年9月成立「工程總隊」，將公共工程業務納入都市計畫業務之內。47年5月與省建設廳所屬之營建處合併改組為「公共工程局」，由下轄之「市鄉計畫組」負責都市計畫規劃工作。
民國58年間，台灣省政府鑑於工商快速發展及社會逐漸變遷，造成人口大量集中都市，導致都市問題日益嚴重，乃於同年12月擴大市鄉計畫組於「台灣省政府建設廳公共工程局」下成立「都市計畫規劃總隊」，為本分署市鄉規劃處之前身。
民國62年10月，政府為精簡機構及事權一元化，將「台灣省政府建設廳公共工程局市鄉規劃組」與「台灣省政府建設廳公共工程局都市計畫規劃總隊」合併成立「台灣省政府建設廳公共工程局市鄉規劃處」，負責辦理本省區域計畫、省訂都市計畫之研擬及協助縣市政府、鄉鎮市公所擬訂都市計畫等工作。
民國68年3月，「台灣省國民住宅興建委員會」與「台灣省政府建設廳公共工程局」合併改組為「台灣省住宅及都市發展局」，市鄉規劃處乃隸屬於該局為「台灣省住宅及都市發展局市鄉規劃處」，係省屬三級機關。
民國75年1月，「台灣省住宅及都市發展局」增列「政府」二字為「台灣省政府住宅及都市發展局」，本分署隨同改制為「台灣省政府住宅及都市發展局市鄉規劃處」。
民國86年8月，配合上級機關名稱「台灣省政府住宅及都市發展局」變更為「台灣省政府住宅及都市發展處」，由原「台灣省政府住宅及都市發展局市鄉規劃處」更名為「台灣省政府住宅及都市發展處市鄉規劃局」。
民國88年7月1日，配合台灣省政府功能業務與組織調整，改隸「內政部營建署」，機關名銜為「內政部營建署市鄉規劃局」。
本分署為完成機關組織法制化作業，並達成組織精簡目標，與同屬精省改隸機關之內政部營建署新生地開發局整併改制成立「內政部營建署城鄉發展分署」，組織規程、辦事細則及編制表，業奉行政院97年7月14日核定、內政部97年8月20日發布，並自97年8月22日施行。