台灣地區海岸線長1,961公里(包括澎湖、金門、馬祖與東沙)，擁有廣大面積之海岸土地，蘊藏豐富之資源，也是人口密集與各類活動最頻繁之處。原本自然優美的海岸，歷經數十年海岸開發及污染，海岸生態及景觀遭受嚴重破壞。依最新資料顯示，台灣地區人工海岸比例已達43.89％，且逐年增加。面對全球氣候變遷的趨勢下，海岸地區亟需妥善規劃管理與保護。
台灣地區海岸保護，始於73年行政院核定實施「台灣沿海地區自然環境保護計畫」，計畫內容涵蓋淡水河口等12處海岸地區保護措施，實施範圍24萬公頃。隨後相關部會依法公告劃設「自然保留區」、「野生動物保護區」、「國有林自然保護區」及「漁業資源保育區」，並成立國家公園、國家風景區等積極推動相關保護、防護措施。
為達成永續發展之目標，行政院永續會將「維持自然海岸線比例不再降低」列為重要施政目標。經過相關部會協商與努力，行政院於96年7月核定「永續海岸整體發展方案」。此方案具體規範漁港、海岸公路、海堤、觀光遊憩及海埔地開發均應以「減量」、「復育」為基本原則，並以符合「資源保護」與「災害防治」為優先考量。
本分署辦理台灣地區海岸整體調查與規劃之同時，並就「臺灣沿海地區自然環境保護計畫」進行通盤檢討作業。經綜合分析「海岸資源豐富度」與「土地使用適宜性」後，邀請專家學者、相關機關、NGO團體、漁會組織共同參與實地勘查及研商。
由95年7月迄今，已完成16場次。未來將舉行跨部會協商會議，待取得共識後，陳報行政院核定。至目前為止，草案成果將保護地區由12處擴增為23處，實施範圍由24萬公頃增加至133萬公頃。
目前，海岸保護計畫與部分重大開發計畫競合，或有漁民及私有地主擔心權益受損。對此，本分署將持續協調以替代方案或生態工程方法保護海岸環境，並加強與各界互相溝通，期使各界瞭解，保護計畫係引導政府單位優先投入資源，進行海岸保護與防護之政策措施，其中公有土地將優先納入保護計畫，私有土地部分則將審慎規劃。後續行政作為，當回歸「漁業法」、「原住民族基本法」、「區域計畫法」、「都市計畫法」、「環境影響評估法」…等法令規定辦理，民眾權益當依法保障。
未來，本分署將持續辦理海岸調查規劃及相關建設協調事宜，以長期性調查、更新與監測的方式推動海岸資源相關資料庫之建置，及時掌握海岸變遷等動態資訊。並與當地社區建立伙伴關係，持續推動教育宣導，確實進行海岸保護區之產業轉型與經營管理。此外，期能與國際保育接軌，共同推動國際性、國家性或區域性海岸保育事務，積極建立與國際組織間的伙伴關係，確保海岸永續發展。(101/11/12更新)
